Mission nationale de sauvegarde du patrimoine scientifique et technique contemporain

Description

Le séquenceur ABI PRISM est un appareil de forme parallélépipédique en plastique gris. Il se compose de deux portes à l'avant munies d'une vitre permettant d'observer le déroulement de l'expérimentation. A l'intérieur, le compartiment de droite se compose d'un bras robotisé qui constitue le système passeur d'échantillon ainsi qu'une plaque de 96 puits dans lesquels sont déposés les échantillons. Au dessus, un capillaire est maintenu par un ruban adhésif spécial. A droite, se trouve une seringue reliée à un piston et la cuve de tampon de migration. L'appareil fonctionne avec un logiciel informatique. Chaque action est rentrée dans l'ordinateur puis transmise à la machine.

Utilisation

L'ABI PRISM permet de faire une électrophorèse capillaire en conditions dénaturantes. C'est un séquenceur de gène, c'est-à-dire permettant d'automatiser le séquençage de l'ADN qui consiste à déterminer l'ordre d'enchaînement des nucléotides d'un fragment d'ADN, chaque nucléotide étant associé à un marqueur fluorescent. Dans le laboratoire de l'unité de Recherches Fromagères il est utilisé pour établir des profils bactériens de communauté se trouvant dans le fromage, et pour suivre leur évolution dans le temps. Pour cela, l'ARN 16S est amplifié et on se base sur l'étude d'une région variable (V2). Les logiciels permettent d'obtenir un profil formant des pics, chaque pic correspondant à une espèce de bactérie. Le séquenceur ABI PRISM est donc employé pour l'étude des profils bactériens ainsi que le polymorphisme génétique des bactéries.