Mission nationale de sauvegarde du patrimoine scientifique et technique contemporain

Description

Le séquenceur DNA ABI Prism 377 est un analyseur automatique d'ADN multicapillaire. Il se compose d'un boîtier qui abrite le matériel nécessaire pour la migration et la détection des fragments ADN et d'un ordinateur pour le pilotage et l'analyse des signaux.
A l'intérieur du boîtier principal, on trouve :
- un jeu de 2 plaques de verre renfermant le gel de polyacrylamide,
- un peigne à 96 dents pour délimiter les puits dans lesquels on dépose les échantillons d'ADN (2-3µl), le gel de polyacrylamide dans lequel les fragments d'ADN vont migrer par électrophorèse,
- un générateur de courant à haut voltage et faible intensité pour l'alimentation électrique de l'électrophorèse,
- un système laser qui scanne par balayage transversal et détecte les nucléotides fluorescents,
- une caméra CCD pour l'enregistrement du signal,
La partie informatique récupère les différentes valeurs de fluorescence enregistrées par la caméra et interprète les acquisitions.
Le principe: le brin d'ADN à séquencer est recopié en plusieurs millions d'exemplaires à l'aide d'une enzyme, la Taq Polymérase, en présence d'un mélange des quatre didéoxynucléotides marqués chacun avec un fluorochrome différent. Les copies ont des longueurs variables recouvrant toutes celles du brin initial - elles se superposent pour reconstituer la séquence entière du brin initial. Les brins d'ADN sont ensuite séparés selon leur taille par une migration électrophorétique dans un gel poreux. Les signaux fluorescents sont détectés à l'aide d'un système optique à source laser qui balaie le bas du gel d'électrophorèse. Les signaux amplifiés sont interprétés par un programme informatique qui reconstitue la séquence originale du fragment d'ADN analysé.
Manipulation: Le gel d'acrylamide est coulé entre les deux plaques de verre séparées de 0,4mm, il polymérise et forme un réseau poreux :
- Le peigne à 96 dents est enfoncé de quelques millimètres dans le gel, il forme ainsi 96 micro-puits indépendants dans lesquels on dépose les échantillons d'ADN,
- Les réservoirs supérieurs et inférieurs sont remplis avec du tampon Tris-Glycine pH 8 (électrolyte),
- Le courant électrique entraîne les fragments d'ADN de l'anode (pôle-) vers la cathode (pôle+),
- Le gel de migration va permettre de séparer les échantillons en fonction de leur longueur
- En passant devant le scanner, les fragments fluorescent,
- Le temps d'électrophorèse dure environ 6 à 8 heures,
- A la fin de la séquence, le gel est démoulé pour être éliminé, les plaques sont lavées (elles sont réutilisées de nombreuses fois).
Nota: l'électrophorèse est une technique qui permet de séparer des molécules en fonction de leur taille et de leur charge en utilisant un courant électrique. On peut ainsi analyser et purifier dans un milieu gélifié (gel d'agarose, gel de polyacrylamide...) l'ADN, l'ARN, les protéines.

Utilisation

L'appareil est dédié à la recherche en laboratoire. Il est utilisé, notamment, à l'analyse immunologique appliquée à la technologie TcLandscape: il permet d'évaluer la longueur des fragments d'ADN codants pour une région du récepteur de lymphocytes.